Nước mắm Thịnh Phát được sản xuất theo quy trình kết hợp giữa phương pháp truyền thống đồng thời áp dụng những biện pháp kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm hiện đại. Để tạo sự khác biệt, Thịnh Phát tập trung vào ba yếu tố: Chọn lựa cá cơm, ủ theo truyền thống và không sử dụng hóa chất.

1. Công ty Thịnh Phát chỉ sử dụng cá cơm được đánh bắt tại vùng biển Phú Quốc như cá cơm than, cá cơm sọc tiêu, cá cơm phấn… Cá cơm sống tại vùng biển Phú Quốc ăn những loại tảo biển chỉ có tại khu vực này nên khi ủ nước mắm sẽ cho ra hương vị thơm ngon hơn. Ngay khi vừa được đánh bắt, cá cơm sẽ được trộn với muối biển theo tỷ lệ 3 cá 1 muối.

2. Hỗn hợp cá và muối sẽ được ủ trong những thùng gỗ lớn (từ 10-15 tấn) với thời gian 12 tháng.  Sử dụng thùng gỗ là phương pháp truyền thống đặc trưng của người dân Phú Quốc. Chính phương pháp này đã góp phần tạo nên hương vị riêng của nước mắm khi hương thơm của gỗ sẽ hòa quyện vào mùi hương nước mắm. Hiện nay, công ty Thịnh Phát vẫn giữ nguyên phương pháp ủ cá trong thùng gỗ để giữ vững tính truyền thống cũng như hương vị đặc trưng của nước mắm Phú Quốc. 

3. Để mang đến một sản phẩm sạch, tốt cho sức khỏe người tiêu dùng, công ty Thịnh Phát không sử dụng chất bảo quản, chất pha chế tạo màu, tạo mùi công nghiệp. Tất cả sản phẩm nước mắm của công ty Thịnh Phát được sản xuất thủ công truyền thống.